Woonpartners jest fundacją kierowaną przez dyrektora zarządzającego (Zarząd). Od 1 lipca 2019 r. funkcję tę pełni Bas Sievers. Rada Nadzorcza składająca się z pięciu członków nadzoruje Zarząd oraz sposób, w jaki tworzymy i wdrażamy politykę. Robią to niezależnie. Wspólnym celem jest zapewnienie jak najbardziej konkretnego i przejrzystego wglądu w (społeczne) funkcjonowanie i wyniki Stichting Woonpartners oraz wydawanie naszych zasobów wyłącznie w interesie mieszkalnictwa publicznego. Zarząd i Rada Nadzorcza kierują się wspólnie zawartymi umowami, które są określone w naszym Statucie, Regulaminie Rady Nadzorczej i Regulaminie Rady, ale także w Wizji Nadzoru i Zarządzania.